这人返乡后，和在家赋闲的高攀龙、钱一本一起，重新修葺了荒废已久的东林学院，开始讲学。东林学院一开始就与众不同，在讲授儒家经典之余，还在宣扬他们对当时社会的一些个人看法。
比如他们希望进行制度改良，减轻税赋，尤其是减少向商人征税，重视农业和工商业发展，改善民生。
同时，主张停止征收百姓早已深恶痛绝的矿税，召回矿监，并且加强辽东防务等等。
这些观点，得到了朝野众多人士的拥护，尤其是江南大商人的一些大力支持。因此东林学院很快成了一个舆论中心，而那些加入讨论的人，则都自认为是东林党人。
渐渐地，在朝堂之上，东林党人开始借助在吏部的实力，逐渐扩大自己的势力，排挤非东林党大臣。
这一下子，其他非东林党见东林党日渐势大，赶紧纷纷抱团取暖，也试图倾覆东林党。
一开始，两大派之间，互相倾轧的重要手段就是争京察。所谓的京察，即官员的定期考核，称职者得到晋升和奖励，否则就会被处罚或革职。
利用这个手段，两大派排除异己，每天干的不亦乐乎！
之后，战斗升级，除了京察之外，还伴随着“国本之争”、“梃击案”。
万历皇帝死后，泰昌帝仅在位不足一个月，又发生了“红丸案”和“移宫案”。
东林党人和非东林党人之间，借用这些案子，大肆制造声势，党争上演得越来越激烈。
幸好，万历皇帝在位期间，长期身居内宫，对大臣之间的争斗，也是听之任之。
朝中的大臣，纷纷辞职、罢官，造成了大量缺员。而万历皇帝是死活不肯发放新的任命状。
这造成了一个奇怪的现象，缺员最厉害的时候，一个部门竟能缺员三分之二以上。甚至是内阁，都可以出现无人值守，或长期仅有一人的状况。
这种现象估计算是明朝对“无为而治”的治国理念的最好诠释了！
但也正是万历的“不作为”，让党争变得虽然激烈，却并不一点也不惨烈。
然而，当泰昌帝匆匆一别之后，著名的“小木匠”皇帝天启帝即位，党争便开始滑向了深渊。
小木匠皇帝非常宠信身边的大太监魏忠贤，致使魏忠贤大权独揽，权势熏天。
而东林党的敌对者，如同发现了新的可以倚靠的大树一般，纷纷向魏忠贤靠拢，形成明末有名的另外一大派系，阉党。
也许我们的一般印象中，阉党的人应该都是太监。其实并非如此，凡是反对东林党，并投靠了魏忠贤的，包括朝廷大员，都统称为阉党。
东林党主张限制宦官权力，惩治阉党的贪赃枉法，特别是东林党主张废除矿税，召回矿监，这就触及了魏忠贤及其阉党的利益。于是，毫不手软的魏忠贤开始了对东林党的残酷清洗。
魏忠贤先是让手下投靠他的官员搞出了一个《东林点将录》，将包括东林党人在内的，凡是反对他的人全部写了进去。
当然为了说服小木匠皇帝，还专门仿照水浒一百单八将，搞成了一个通俗易懂的一百零八人的大名单。然后，指使东厂、锦衣卫，大肆抓捕、杀害东林党人，制造了有名的“东林党狱”。
这一下子，东林党中，正直、有气节、有操守的骨干人员，基本上被魏忠贤屠戮殆尽。
东林书院也被小木匠明熹宗下令拆除，还波及了全国的其他书院。
这般骚操作弄完，朝堂之上，阉党成了一家独大。便有了历史上的“东林误国，阉党害国”的说法，明朝的形势也开始急转直下。
待到崇祯皇帝登基之后，意识到了阉党的恶行，贬斥了大量的阉党成员，并逼死了魏忠贤。
不过，崇祯皇帝又有点矫枉过正了。之后，他为东林党人恢复了名誉，重修了东林书院，保全了剩余的东林党人。
可是，崇祯皇帝慢慢发现，这东林党中也不全都是有理想，有抱负，有能力，一心为国为民的人，也有打着为朝廷着想，为百姓着想的口号，背地里贪赃枉法，以权谋私的勾当。
甚至有的东林党人就是只有嘴上功夫，键盘侠一个，真让他干点实事，不仅干不好，还能坏事。
最重要的是，从前崇祯皇帝他哥木匠皇帝再修三大殿修生祠还有钱进来，为什么现在工程完了生祠毁了，轮到他崇祯皇帝自己倒是没钱了？
崇祯皇帝想了一年，终于想明白了，自己的木匠皇帝哥哥还有万历爷爷都是对的，他们大肆敛财并不是为了自身奢靡，而是为了国家的运转，至于进入内承运库，不过是对于户部官员的不信任罢了。
崇祯皇帝在《明熹宗实录》中，找到天启年间朝廷多次出现官员请饷的情况，天启皇帝也多有用私房钱发工资的记录。
因此崇祯皇帝很愤怒，也很难相信这些朝廷大臣了，再加上还有自己曾经无比信任，委以重任的东林党的袁崇焕，竟然忽悠他，他更加不信任东林党了！
崇祯皇帝开始不断怀疑，大肆杀伐，结果却让大明朝堂彻底失去了活力，最终导致大明朝走向了灭亡。
其实，崇祯不明白，有人的地方就有江湖。人是社会型的，那么拉帮结派，形成小团体，是非常正常的现象。
各团体之间，如果既能够互相竞争，又能够相互促进，形成良性循环，就能让社会和组织持续的发展。
反之，就会导致停滞不前，甚至发生严重的倒退。明末党争就造成了非常坏的结果。
明末党争激烈之时，东林党和其他党人都失去了正确方向，变成了仅为一口气的义气之举。这个时候，如果有英明的大明皇帝站出来，拨乱反正，重新指明目标，进行各派平衡，也许，反而能让朝廷更有效率地执行朝廷的政策。
但是，万历、泰昌、天启和崇祯，都没有能力做好两派的平衡。最终，大明王朝的灭亡，东林党也只能成为背锅侠之一了。