医疗联队分为两部，跟随战斗部队作战的医疗忍者们被打散进每个忍者班跟随作战部队一起行动，这部分医疗忍者的队长是……角都。
角都的地怨虞之术其实具有强大的医疗能力，缝个断胳膊断腿完一样，连脑袋掉了只要角都在一边都能给及时接上，让他客串下医疗忍者，算人尽其用。再说了，总得有人保护脆弱的医疗忍者们不是。
而另一部分医疗忍者则是以八十艘大型空忍战舰为基地所建立战地医院，这部分医疗忍者的队长是德高望重的医疗忍者千代婆婆，千代婆婆的助手是静音，以及负责管理普通人医师的伢子，还有空忍村首领神农，以及一个中队的空忍忍者作为辅助。
原著中只是龙套的空忍村被岩隐兼并掉之后，反而迎来了发展与壮大，空忍的力量在匠忍村的技术和岩隐的财力支持下，实力已远超空忍曾经的全盛时期。
上原大力助力发展空中力量所带来的结果是，空忍建造的大大小小的舰只有一千多艘，战舰比空忍的人数都多了，多到找不到足够的人手来操纵那些空中巨兽。
有大约一百艘加装了厚重装甲以及撞角和查克拉炮，携带了大量航空炸弹的空忍战舰被编成了空中支援联队，主要给忍者联军提供查克拉大炮开路，地毯轰炸，神风冲撞，等等支援。
作战部队被鹿久按照作战职能，划分了近距离作战部队，中距离作战部队，远距离作战部队，支援部队，以及奇袭部队。
第一大队为近距离作战部队，队长为岩隐村的爆遁忍者，狩，副队长为灼遁叶仓，还有黄土。近距离作战部队人数约有十一万人，其中包括忍武者军团全部，以及一万名擅长近身格斗的忍者组成。
第二作战大队为中距离作战部队，忍者数目为一万人，这部分忍者中集中了大量擅长手里剑术的忍者，诸如岩隐风魔一族的忍者，大部分都被编在这里。第二大队队长为旗木卡卡西，各副队长也都是一些很强力的忍者，比如桃地再不斩，砂隐的风遁忍者马基，雾隐的长十郎等等。
远距离作战部队的忍者数目有两万人，数量是作战部队中忍者数量最多的，这是忍者联军中最具有战术性的部队，大规模施展联合忍术将是远距离作战部队的主要攻击方式。岩隐村大型土遁术，加上木叶的大型火遁，或者云隐的大型联合忍术加上雾隐的联合水遁术，诸如此类。
以联合忍术来称呼以村为单位相互配合而施展的忍术已经不太合适了，更确切的称呼，应该是——联军忍术，动辄发动万人以上规模的战略级的联合忍术。
支援部队在战场上主要负责支援中距离和近距离作战的部队，而要及时支援各部，必须要有足够的体力和速度。拥有充沛体力和速度的忍者，几乎都等同于精锐了。所以支援部队强力的忍者很多。
而且，支援部队有一个更重要的任务，联军可能遇到各种拥有特殊能力的忍者，当其他部队遭遇能力特殊的敌人时，支援部队要有解决麻烦能力。所以支援部队也聚集了与绝敌人对等的很多能力特殊的忍者，血继忍者和秘术忍者大多都集中在了支援部队之中。岩隐的血继收集部队水无月组，现存唯一的尸骨脉血继者君麻吕，日向宁次，油女志乃，宇智波佐助，漩涡鸣人，还有上原的学生龙舌和无垢，他们都在支援部队之中。
除作战大队以外，还有其的辅助作战部队。
保护大名的联队，除了保护大名，还需要保护各国政要和关键人物，联队的队长是火之国大名兼任火影的日向汢。
辅助部队中岩隐的工程大队和爆破部队会给联军构造出利于己方的地形之后，顺势编入临近的作战大队。而且工程大队和爆破部队还将作为较为独立的分队发挥职能，工程大队极为擅长的大规模土遁防御工事的构建能大大减少联军伤亡；爆破部队则是另一个极端——或是设下陷阱，把山脉炸成平地，抑或是把平地炸成峡谷，把峡谷炸成更大更深的峡谷，破坏是爆破部队极为擅长的。
各村忍者都被打乱编到各作战部队，人员散乱的一塌糊涂，能保留一定规模的也就岩隐的工程大队和爆破部队了，毕竟岩隐最擅长的就是大规模作战，也只有这两只部队，鹿久认为只有保留建制才能发挥更大的作用。
而像其他忍村比如雾隐，也有成规模的雨声杀人术部队，却不适合现在的战场。让一大群水遁忍者制造大片区域的浓雾，然后让精通无声杀人术的忍者在雾里和敌人捉迷藏吗？这太拖延时间了。
再说了，感知力和隐遁能力都超强的白绝，再加上秽土转生的忍者们没有要害的身体，讲究暗地偷袭一击致命的战术，会很不好用。
特殊的作战部队还有奇袭部队，队长是风影的学生勘九郎，勘九郎的能力毋庸置疑，而且现在的勘九郎比原著中强的不止一点。赤沙之蝎把自己的傀儡技艺倾囊相授，千代婆婆也不会吝啬对后辈的慷慨，现在勘九郎同时身负蝎的赤秘技，和千代婆婆的黑秘技，千代婆婆赖以成名的近松十人众，那十个强大无比的傀儡，勘九郎有其中五个……
奇袭部队或者说是忍者联军的斩首部队，是各个部队中人数最少，但是最人员精锐的一部，奇袭部队中不乏上忍，岩隐的红蜘蛛部队约四分之一都分入了奇袭部队。
要知道，在四代目土影时代，岩隐一方面扩军的同时，一方面把大量战力不突出的土遁忍者转入工程部队，只留下了少部分最精锐的忍者作为村子的作战力量。一万余名的岩忍中选出了不到一千的精锐，这部分精锐也就是红蜘蛛军团。
红蜘蛛军团有多难缠，卡卡西很有发言权。志村团藏时期，卡卡西被多次派遣去忍者联盟所属成员忍村进行破坏，作为一个整体，忍者联盟守卫漫长水脉线的各村忍者都有。其他忍村的忍者或许会很难缠，但唯独遭遇红蜘蛛，每次卡卡西都必然经历苦战，多数情况下都会负伤。
忍者世界传奇的忍者部队很多，比如砂忍傀儡军团，岩隐爆破部队，云隐金角银角部队等等，无一例外，这些都是经历过战争洗礼才有的赫赫威名。
唯独红蜘蛛军团，于战争时期只是展露头角，在和平时期发展至壮大，毕露锋芒。迪达拉曾属于红蜘蛛军团，君麻吕也是。