曾氏在江西办事困难，可见之于咸丰七年六月初六日给朝廷所上的《沥陈办事艰难仍吁恳在籍守制折》："国家定制，各省文武黜陟之权责成督抚，相沿日久，积威有渐。督抚之喜怒，州县之荣辱进退系焉。州县之敬畏督抚，盖出于势之不得已。其奉承意旨，常探平心之所未言。臣办理军务，处处与地方官相交涉。文武僚属，大率视臣为客，视本管上司为主。宾主既已歧视，呼应断难灵通。防剿之事，不必尽谋之地方官矣，至于筹饷之事，如地丁、漕折、劝隋、抽厘，何一不经由州县之人?或臣营抽厘之处而州县故为阻浇，或臣营已捐之户而州县另为逼勒。""臣帮办团练之始，仿照通例，镌刻木质关防……五年正月换刻：钦差兵部侍郎衔前礼部降郎关防。是年秋间补缺，又换刻：钦差兵部右恃郎之关防。臣前后所奉援鄂援皖、筹备船炮、肃清江面诸谕，皆系接奉廷寄，未经明降谕旨，外间时有讥议。或谓臣系自请出征，不应支领官饷；或谓臣未奉明诏，不应称钦差字样；或谓臣曾经革职，不应专折奏事。臣低首茹叹，但求集事，虽被侮辱而不辞。迄今岁月太久，关防之更换太多，往往疑为伪造，酿成事端。"不久，咸丰帝实授曾国藩为兵部右侍郎，仍在江西督办军务，其职由沈兆霖兼署。这道任命并没有改变曾国藩在江西孤悬客位的局面，各府县听的是巡抚、两司的命令，并不买兵部堂官的账。前几天，曾国华派人来诉苦，说手下一哨长因公夜行，被新昌县当长毛拿获。曾国华拿着盖有"钦差兵部右侍郎关防"的公文去交涉，竟被新昌县令置之不理，还说以前的公文盖的都是"钦差兵部侍郎衔前礼部侍郎关防"，为何又变了，曾大人到底是个什么官？弄得曾国华啼笑皆非。曾国藩窝着一肚子气，又无法发作。到头来，还得动用文俊的巡抚大印才放了那个哨长。彭寿颐也来诉苦，说厘金日渐减少，卡丁一天到晚尽受气，被打死活埋的事屡有发生。曾国藩苦恼极了，没有银子，这支庞大的军队如何生存打仗？
"银子的事，还有办法可想。"郭嵩焘的父、叔都经过商，到底于此见得多些。他见曾国藩一天到晚为饷银事愁眉苦脸，出主意说，"我为你跑一趟杭州，游说浙抚何桂清，要他支援三万引浙盐。这三万引浙盐在江西推销，估计可获利十万两银子。另外，还可向朝廷陈说困难，请朝廷从上海关税中拨一批饷银来。上海商贾云集，货物山积，银子多得像水一样，分出十万八万应无问题。"曾国藩认为这两个主意都很好，立即委派郭嵩焘去杭州，又奏请朝廷速拨十万上海关税银子，以济湘勇燃眉之急，并提名由苏州知府袁芳瑛专办。又派人送家信至湘乡，要九弟国荃在原募勇丁基础上扩大一倍，从醴陵一路入赣，以填补罗泽南去后的空缺。正当曾国藩为摆脱经济、军事困境而多方措力的时候，太平天国翼王石达开和他的战友们又在谋划一场大的行动了。
石达开兵进湖北后，一路势如破竹，鄂东南的州县几乎全被太平军克复。罗泽南入鄂后，自己带一支人马直向武昌奔去，他想以奇兵冲进武昌，夺下收复武昌的首功；另分偏师由李续宾统带，扼住蒲圻一带，防太平军南下。石达开放开大路，让罗泽南长驱直入。他的策略是关门打狗，放罗泽南进来，然后再和韦俊、胡以晃联合起来，南北夹攻，全歼罗泽南军。
"殿下，卑职有一个不同的想法。"因埋伏湖口截击李孟群舢板有功，被越级提拔为中军总制的康禄对石达开说。
"小兄弟有何想法？"石达开很喜欢艺高心灵的康禄，虽然他比康禄只大得两岁，但在石达开的高级僚属中，康禄和陈玉成一样，毕竟是属于年纪最小的一批，故石达开常称他和陈玉成为小兄弟。
"殿下，南北合击罗泽南的主意很好，但卑职以为，韦国宗等在武昌防守坚固，罗泽南好比鸡蛋碰石头，不足为虑。现在倒是曾妖头在江西的老巢，却因塔齐布死、罗泽南走而空虚。卑职听说，曾国华骄而无能，周凤山勇而无谋，李元度优柔寡断，彭玉麟内湖水师陷在鄱阳湖。曾妖在江西，已是势孤力弱。此时我军不如返旆回赣，乘机一鼓捣毁湘妖老巢，活捉妖头曾国藩。"石达开极为赞赏康禄这个主意，神不知鬼不觉地率师翻越幕阜山，以迅雷不及掩耳之势，一举攻克义宁州。三四天之内，便接连拿下新昌、万载、上高等县，曾国华被迫东逃。消息传到南昌，文俊大惊，飞马请曾国藩派勇抵挡。曾国藩调周凤山率驻竹林店的五千人马，先往瑞州遏制，自己协助曾国华整顿溃勇，随后跟上。就在赶赴瑞州的路上，又听到一连串的不利消息：石达开在江西天地会大龙头周培春的配合下，相继攻下临江府、袁州府十余州县，才上任的按察使周玉衡及吉安知府陈宗元被击毙于吉安，翼王旗已插上了赣南名城吉安城楼。
曾国藩带领周部、华部两支人马七千余人，来到离临江府五十里远的樟树镇，吩咐就地驻营。周凤山、曾国华不解。曾国藩说："樟树镇西近瑞、临，东接抚、建，为赣江沿岸重镇，省城咽喉。石逆兵力今集中在吉安府一带，料近日内必率师北上进犯南昌，水陆两军都必经樟树镇。我军在此安营扎寨，以逸待劳，必可取胜。"周凤山、曾国华都赞同这个分析。曾国藩又火速派人通知彭玉麟率内湖水师出青岚湖，由武阳水过三江口镇，驶进赣江，南下到樟树镇集结，与长毛在樟树决一死战。
几天后，康禄带中军来到永泰市。探马报，曾妖头亲率七千陆师驻扎在樟树镇、横梁、芗溪一带。康禄命令扎营，等候翼王到来。次日，石达开带领殿右一指挥赖浴新赶到了。赖浴新打仗最是勇猛，湘勇恨他怕他，称他为赖剥皮。
石达开策马查看樟树镇的地势。只见这一带除一道赣江外，尽是起伏不定的黄土丘陵，南面接着百丈峰的尾部。此地两旁是山，中间一条大路。时为早春，雨水未至，山上的树木枯干，似乎堆放了满山遇火即着的干柴。石达开看在眼里，心里有了主意，对赖浴新、康禄说："曾妖头打仗，从来不亲上战场，只躲在后边营寨里。上场交战的是周凤山、曾国华，这两个草包求胜心切，当可利用。"康禄说："适才随翼王查看地势，我想百丈峰麓那片干树林，是天赐我们的有利条件。""好放火！"赖浴新一语点破。
石达开和康禄都笑起来。达开说："我们都想到一块了。就在此地火烧湘妖。不过，周凤山、曾国华再是草包，也会防这一着，得想一个办法诱他们上钩。"
翼王、总制、指挥三人细细考虑着。
第二天黎明，康禄带两千人来到樟树镇搦战。康福在曾国藩身边，看着弟弟身着龙袍凤盔，神采飞扬地骑在高头大马上，心里很为弟弟高兴，想到骨肉相残，又顿觉悲凉起来。曾国藩命周凤山、曾国华带三千人前去应战。曾国华对周凤山说："你在正面应付他们，我从侧面冲他们的后队。"说罢，带着一千五百人与周凤山分道而行。
康禄拍马上前，与周凤山交战，战了十余回合，便渐渐不支，周凤山暗暗高兴，越战越有劲。正在这时，曾国华从后面杀出，两支军队前后夹攻。康禄抵抗不住，打马向东冲去，两千人马溃不成军，纷纷将身上背的东西丢下，夺路而逃。湘勇多时没有打过胜仗了，见丢在路旁的包袱、什物，个个眼红，慌忙来抢。打开一看，尽是金银珠宝，喜得咧嘴大笑。曾国华提醒周凤山："为何长毛丢下这多值钱的东西，此中有诈。"周凤山说："六爷过虑了。长毛劫来的财宝，不随身带，放到哪里？打败了，只得忍痛丢下逃命。"曾国华见康禄带兵远远逃去，不像是设下的圈套，便不再制止，让手下的勇丁去你争我夺抢个饱。晚上，周凤山对曾国藩说："看来石逆还在吉安没来，领头的小贼是个无用的家伙。"曾国藩也一直未见有翼王字样的旗号，心想：正好趁石逆未来之前歼灭这股敌人，鼓舞久已衰竭的士气。当晚将周凤山和六弟着实称赞一番。
隔天，康禄又来挑战。尝足甜头的湘勇个个奋勇，人人争先，康禄边战边退，慢慢地将周凤山、曾国华引到百丈峰脚，太平军纷纷丢下身上的东西，朝树林中逃去。湘勇见又有东西可捡，无不高兴，先头部队不知不觉地进了树林。周凤山和曾国华刚进林子，便有亲兵来报，说前面路边竖起了十来幅大画，全画的是曾大人。周凤山、曾国华好生奇怪，驱马进了树林。行不到几丈远，果然见前面竖起好些牌牌。这些牌牌约有五尺见方，钉在木桩上。牌上糊着白纸，纸上画着图画。周、曾二人看时，第一幅画的是一把大刀，拦腰砍断一条大蟒蛇。旁边一行大字：刀砍癞皮蛇--曾妖头！曾国华气得七窍冒烟，在马上大叫："给我把这个牌子剁碎！"勇丁们一窝蜂上来，捣毁了这个牌；再向前走几步，又是一块牌，画的是靖港投水：曾国藩披头散发，正从船舱狼狈跳向湘江。勇丁们不待吩咐，又一齐上前毁掉。原来，太平军最喜画画，军中有不少会画的人才。每到一处，周围都贴满了漫画，一来作为娱乐，二来借此鼓舞士气。所以翼王定下这条计策，很快就有高手画出了十来幅大画来。全画的曾国藩靖港、岳州、九江、湖口打败仗的情景。数千湘勇都怀着好奇心，争先恐后挤进树林，一边看，一边捣毁，一边议论，几乎忘记是在打仗了。大家正在得意忘形之时，一骑飞进树林，向周凤山、曾国华传令："曾大人有令，前面树木密集，须防火攻，速速撤退！"周凤山、曾国华如梦方醒，急令撤退，但已来不及了。猛听得一声炮响，树林中飞出无数条火蛇来。这些火蛇斜着向树梢飞去，擦着树枝便燃烧起来，落下后，又燃烧地上的枯枝败叶。一刹那间，树林中烧起无数堆烈火，劈劈啪啪，越烧越旺，浓烟升腾，火星四溅，把挤进林中的数千湘勇吓得惊慌失措，四处乱窜，被踩死的不计其数。这时，林中到处插上了绣着斗大"石"字的翼王旗，周凤山、曾国华才知石达开早已到了，勇丁们丧魂失魄，勇气全失。周、曾指挥湘勇从来路上冲出去，劈头看见虎目圆睁的赖浴新，心里叫苦不已，不敢恋战，仓皇夺路逃命。一万太平军将士从四面八方包围过来，杀得湘勇鬼哭狼嚎，抱头鼠窜，大片大片地跪下磕头求饶。
在另一条路上，康禄率领五百轻骑直袭樟树镇湘勇老营。曾国藩知道前部惨败，勇丁已无斗志，便下令撤退，自己由康福、彭毓橘保护，向南昌方向逃去。康禄因在白杨坪见过曾国藩一面，便跟着骑在枣子马背上的曾国藩死追不放，一边高喊："弟兄们，活捉骑红马的曾妖头！"康福听见喊声，知道是自己的弟弟在追，便紧随曾国藩的左右，一步不离。康福深知弟弟飞镖的厉害，从腰间抽出刀来，留心谛听马后的声音。这时，康禄已甩掉后面的将士，独自一人在前追赶曾国藩。曾国藩枣子马的速度，是其他骏马追不上的，身旁除康福外，也再无别人了。康禄在后面又喊起来："曾妖头，下马投降，可以饶你一死！"曾国藩将手中的马鞭用力一抽，枣子马发疯似的向江边小路奔去，康福紧紧跟在后面。江中水面上，远远地已见一队船驶来。康禄怕曾国藩从江上逃走，便从镖袋里取出一支镖来，运足气力，向曾国藩的后背打去。康福听到飞镖的声响，将腰刀向后一挥，只听得"哐当"一声，飞镖碰在腰刀上，迸出一星火花，一齐落在马屁股下。康福知道一镖不中，还有第二镖飞来，急中生智，从自己的马上一跃而起，跳到枣子马上，坐在曾国藩的后面，回头高喊："兄弟，你哥哥康福在此！"康禄正要打出第二镖，听得这声喊，愣住了：果然是自己的亲哥哥！这镖怎能放？康禄手一软，镖掉到草丛中。枣子马乘隙飞奔。船队靠近了岸，曾国藩看到前头大船甲板上站的正是水师统领彭玉麟，高喊："雪琴救我！"彭玉麟忙将船划过来，把曾国藩和康福接上船。船上水勇一齐朝岸上太平军放炮，逼得康禄勒马回头。彭玉麟将溃勇收上船，张开风帆，顺流向鄱阳湖开去。
船开出多时，曾国藩惊魂始定。他抚摸着康福的肩膀说："今日多亏贤弟，否则，此时早已不在人世了。"康福忙跪下说："大人何出此言，这是大人的福气。只是大人赐我的腰刀，不慎被飞镖击落，遗憾不已。" "一把腰刀值什么！"
"大人亲手所赐，康福视它如同性命。"曾国藩听了，感动地说："请起来，回南康后我再亲手赠你一把。"康福说声"谢大人"后，站了起来。
"价人。"曾国藩看着慢慢后退的房屋田陌，缓缓地说，"我在马上听你对后面的追贼高喊兄弟，那个追贼是你什么人？"康福见曾国藩的眼中闪过一丝阴冷的光，知道已不可隐瞒，便将弟弟的事告诉曾国藩，但有意隐去了白杨坪行刺一节。他想起在武昌亲眼见到的剜目凌迟惨相，忽然毛骨悚然，再次跪下说："大人，亲兄弟沦为造反逆贼，做兄长的却不能使他改邪归正，心中万分痛苦。康禄不忠不孝，罪不容诛。望大人看康福薄面，有朝一日将康禄擒拿后，千万容康福见一面，劝说他弃暗投明，为朝廷效力；若康禄不听教诲，再杀不迟。"曾国藩抚须眯眼，半晌不语，良久，才慢慢地说："良家子弟失身为贼，已是家中的败类贼子，何况死心塌地为逆首卖命，即使剜目凌迟，亦不为过。不过，既然是你的胞弟，自当别论，且我亦爱他武艺高超，倘若肯弃暗投明，为国效力，本部堂不但不杀他，而且要重用他。你放心吧，日后遇到机会，一定要把兄弟劝说过来才是。"康福忙说："小人一定谨遵大人钧命，劝说兄弟脱离贼窝，归顺朝廷。"稍停一会，曾国藩自言自语地说："那年在家，也遇到一个善用飞镖的刺客，今番又是一个会使镖的，我难道前世与镖手结了仇？"康福只当没听见，走进了船舱。船已到三江口，只见前锋掉过船头来报："湖口逆贼白晖怀拦住了下游。"彭玉麟怒气冲冲地命令："准备厮杀！""且慢！"曾国藩制止彭玉麟，"雪琴，陆师大败，士气低落，此刻不是打仗的时候，不如改道由赣江西下，暂住南昌，休整几天再说。"彭玉麟遵令指挥战船改道复入赣江，直向南昌奔去。
《罗泽南年谱》："有小子中先生右额，伤甚。血湿衣裙，犹力战，逾时而归，剧甚，日夜危坐不眠，与在营诸将议攻城方略。初五日，口占忠义祠楹联，援左右书之。初六日，病益甚，不能起，口喃喃念战事，无一语及其私。忽睁目指几席间，意欲作书。左右濡笔伸纸以进，先生仰卧书曰：愿天再生几个好人，补偏救弊，何必苦限此蚩氓!又书曰：乱极时站得定，才是有用之学。初七日，神散气喘，自知不可为。适胡公来视，先生张目言曰：武汉，自古用武地，贼必死守，不力战，恐荆、襄、岳、鼎，均无干净土矣!初八日早，汗出如沈，握胡公手言：武汉未克，江西复危，不能两顾。死何足惜，事未了耳!其与李续宾好为撑持。言未毕而目瞑。
曾国藩一行刚进南昌的第二天，石达开便率部将南昌团团包围起来。南昌城里，曾国藩和文俊、陆元烺慌了手脚。曾国藩一面指挥城内军队死守，一面飞马传调鲍超、李元度火速来南昌救援。连日来，太平军不断向城内发射火箭、炮子，又四处挖地洞，绑云梯，攻势十分凌厉。李元度、鲍超的陆勇和李孟群的水师被堵在包围圈外，不能入内。曾国藩每天登上城楼，看城外太平军旌旗飘扬，人山人海，心胆俱碎。他决定立即把在湖北战场上的罗泽南、李续宾部调回。刚把传令的亲兵打发出去，随罗泽南出师湖北的参将刘腾鸿单骑冲进南昌城内，将一个意想不到的凶讯告诉曾国藩：初一日，罗泽南在武昌城下右额中弹，初八日死在军营。曾国藩惊得目瞪口呆。刘腾鸿将罗泽南临终前写的信递给曾国藩。上面写着： 涤生仁兄大人左右：
二十余年前，与兄相识于高嵋山下，即结骨肉之情。四年来，追随兄创办湘勇，赖兄之德识才力，湘勇复岳州，出洞庭，下武昌，夺田镇，威播大江，名震寰宇。实指望与兄饮马下关，全歼巨寇，使我大清中兴；岂料中道分手，宏愿未竟，悠悠苍天，此恨曷极！犹记离赣时，兄再三叮嘱："君所部仅五千，贼众常数万，是可合不可分，分则不足以支大敌。"泽南此次败，恰败在分军上。兄言在耳，追悔莫及。方今武昌未复，江西又危，正不知兵火何时能熄。泽南年已半百，死何足惜，事未了耳！迪庵忠贞之士，余部可命其统率，润芝宽厚得众，足可为湖北之主。雪琴、厚庵、璞山，均世之英才，堪寄以大任。左季高，人中蛟龙，可为百万大军统帅，不宜让其久困湖南。泽南一生，自谓求学尚能刻苦，然学业未成，事业未就，愧见先祖于九泉。近年来与长毛作战，亦有一点心得。今将远别，愿送与我兄："乱极时站得住，才是有用之学。"万语千言，难以倾诉，愿仁兄为国珍重。
曾国藩阅毕，泪如泉涌，哭道："罗山大才，世所罕见，中道分手，乃我湘勇之大不幸，所遗诸言，自当谨记！"传令在南昌城为罗泽南设灵堂，亲自率众吊唁。城外，石达开指挥太平军攻城更急。城内到处是火堆，三街六市一片混乱。曾国藩强令五十岁以下、十五岁以上的男子全部上城抵抗，自己骑着枣子马昼夜巡逻。他暗自下定决心，一旦城破，立即自刎，追随塔齐布、罗泽南于地下。曾国藩把荆七叫到身边："倘若城破，你要设法逃出去。"又指着一个包袱说："这里包的是几年来皇上的朱批、朝廷的命令及历次奏稿与信函的副本，你要把它送到我的老家去，留给后世子孙观看。"王荆七点头答应。略停一会，又说："南康衙门里，有我平时积蓄的八百两银子，你把它带回荷叶塘。事已危急，不能详细作书，当为你写一字条。"随手拿来一张黄竹纸，匆匆写了几行字： 父亲大人万福金安：
儿已为国尽忠。这八百两银子不是军饷，乃儿之俸银，今由荆七带回，其中四百两为父亲大人养老之用，四百两为纪泽娶亲之资。请父亲大人多多珍重。
曾国藩跪禀
这夜，曾国藩将王世全所赠宝剑放在枕边，以便随时自裁。待到天黑时，城外炮声渐渐稀落，劳累几天几夜，曾国藩一倒在床上，便呼呼入睡了。一觉醒来，文俊进来兴奋地说："长毛全撤了！"曾国藩擦擦眼睛，见窗外红日高挂，知不是梦。他忙登上城楼，只见五万太平军一个不留地走得无影无踪。他暗自诧异，却不知何故。各路援军都已进得城来，曾国藩看着他们，恍如死而复生，感慨万千地说："前几天闻春风之怒号，则寸心欲碎，见贼船之上驶，则绕屋彷徨，真不料还有今日相逢之一天。"曾国藩还没有高兴几天，从东边北边又连连传来丰城、进贤、安仁、万年失守的消息。原来，向荣江南大营围攻天京，石达开奉天王洪秀全之命，率部出江西，取道皖南返回天京解围，故一夜之间全部撤离南昌。石达开走后，江西军务先由翼贵丈黄玉昆、后由北王韦昌辉主持，相继攻克抚州府和饶州府。到咸丰六年六月，江西十三府有九府掌握在太平军手中，形成了一片比较巩固的天国统治区。这九府是：九江、临江、袁州、吉安、抚州、建昌、瑞州、南康和饶州。曾国藩在江西处于危困的顶点。