不久，鲍超率霆字营来到金陵城下，驻扎在神策门至钟阜门一带。至此，原定东西南北水五路大军，除西路多隆阿奉调开赴陕西，北路因统帅李续宜去世仍留安徽外，其余三路都已到了金陵。在曾国荃的统一指挥下，湘军水陆合作，拿下东南八隘：中和桥、双桥门、七桥瓮、方山、土山、上方门、交桥门、秣陵关，接着又攻占淳化、解溪、龙都、湖熟、三岔五镇。这样，金陵东南也全被湘军封锁。金陵城真正变成一座孤城了。
金陵城墙素称天下第一。它长达九十里，高如三层楼房，墙顶部可以并排通过两部马车。城墙根与江河湖泊相连，只有通济门至太平门一带是陆地。曾国荃带着赵烈文、康福等人沿着聚宝门至太平门的城墙察看地形。只见城高墙厚，防守严密，在城外攻打，兵员和火力都不易部署。"难怪它作过几百年都城！"曾国荃心想。唯有一处是最佳的地方，那便是太平门外富贵山至龙脖子一带。此处为钟山南麓，左路地势甚高，便于架设炮位，炮子可以平射进城，足以控制城墙上的防守火力，右路地势极低，又利于开挖地洞。
"这真是天赐予我！"曾国荃得意地笑起来。恰在此时一发炮子打过来，马被惊得前蹄腾空，身边扬起一阵灰尘。
"不好，山上有堡垒！"康福指着山顶上一座石垒说。果然钟山第三峰峰顶上有座高大坚固的石砌堡垒，刚才的炮子正是从那里打出来的。曾国荃等人赶紧向后退。
"九帅，那边还有一座！"彭毓橘指着龙脖子一座黑灰色石垒惊叫。的确又是一座，而且这座正筑在攻城的最佳位置上。正因为这是攻城的有利地势，故历朝金陵城防都极为注重此处。太平军在前人基础上更将这两座石垒加高加厚，把最精良的西洋大炮架在这里。给山上的石垒取名天堡城，山下的石垒取名地堡城。
"我操他娘的！"曾国荃粗野地骂起来，"把老营移到孝陵卫来！老子非轰掉它不可，看看是它厉害，还是老子厉害！"经过几天几夜的奋战，萧孚泗、朱洪章率领节字营、焕字营，以重大代价拿下了天堡城，但城外最后一个堡垒--地堡城却始终固若金汤，任凭湘军洋炮土炮一齐狂轰滥炸，依旧岿然不动地屹立在龙脖子上，令曾国荃十分头痛。由于地堡城攻不下，城外的地道也总是挖不成。半个月间，湘军在地道口丢下数百具尸体，却无法挖通一条通向城墙脚的地道。这块骨头竟是这样坚硬难啃，已够使曾国荃愤怒、曾国藩担忧，不料又突然发生沈葆桢拒绝拨饷的事，更使曾国荃恼火、曾国藩气愤了。
曾国藩任江督后，规定江西厘金全部充作军饷，漕折以及九江关洋税也经常被截留运往军营。沈葆桢做赣抚，一反前任无所作为的旧习，自己募勇建团，经费开支大为增加。太平军在浙江战场失败之后，大量人员退到江西，江西局面危急，朝廷调原隶湘抚的席宝田、江忠义率勇入赣。沈葆桢又趁机将本省团练扩大。这样一来，江西的勇丁激增到三万多人，粮饷支出浩大。沈葆桢于是常常将供应金陵围师的款项截留下来，充作江西军饷。曾国荃因此大为不满，屡屡向大哥索求。曾国藩虽极不满意沈葆桢的作为，但江西军情确实严重，他只得忍下来，好言劝慰弟弟，有时则从别处腾挪一些给吉字大营。
同治三年三月初四日，曾氏致九弟信："顷闻幼丹中丞奏请江西厘金全归本省，或江皖各半。从此饷源大绌。"去年，曾国藩给九江关道蔡锦青寄了封私信，叫他解九江关洋税三万两给金陵围师。蔡锦青解了一半时被沈葆桢知道，沈将蔡怒斥一顿，扬言若不收回，则撤去蔡的道员之职。曾国藩对沈葆桢如此不讲情面而恼怒至极。且不说沈葆桢是他一手保荐上来的，即使无这层关系，也要执行朝廷命令接受总督节制。沈葆桢此举既无情又无理，按照曾国藩过去的性格，早奏参了，但现在他忍下这口气，将收到的一万五千两银子如数归还。金陵城下的曾国荃破口大骂沈葆桢，甚至责备大哥太窝囊。曾国藩听了，只是苦笑而已，并不分辩。
但现在是什么时候？天堡城已下，金陵城眼看就要攻破，正要拿银子去鼓励吉字大营卖命的时候，沈葆桢却将应解金陵的五万厘金全部截留，分文不给，还上疏朝廷告曾国藩眼睛里只有金陵，全不顾江西的危难，并声明若将厘金强行解走，他只有辞职不干。更使曾国藩不能容忍的是，沈葆桢还与大学士、户部尚书倭仁相勾结，通过倭仁上奏，说两湖、川、赣、粤每月协解曾国藩军饷十五万五千两，即使不能全解，每月亦有十万两的进项，且江浙大半肃清，上海更是富甲天下，曾国藩强解赣厘，不是广揽利权、贪得无厌吗？
曾国藩看了这份转发下来的倭仁奏折，简直要气昏了。饷银不继，金陵围师很可能功亏一篑；索求厘金，又激起上下忌恨。曾国藩左右为难，忧虑重重，本已好多了的癣疾又突然发作，弄得他痛苦不堪。
徐珂编《清稗类钞》第四册《绝无良心科》："曾文正性严正而好谐谑，尝于退食之暇与幕僚闲话，谈及才难，因太息久之。乃曰：'遗大投艰，固非常人所能，然亦未可概期之贤者也，当于德行、文学、言语、政事四科之外，别设一科，曰绝无良心科。'善化何应祺时亦侍坐，遂起而言曰：'明公果设此科，其以晚生为弁冕否耶?'文正大笑。""这个忘恩负义的小人！"曾国藩终于忍不住对着几个心腹幕僚咒骂起沈葆桢来，"我要建议朝廷于博学鸿词科外，再增设一个绝无良心科，取沈葆桢为第一名。""大人，沈葆桢太可恶了。此时断饷，简直是给金陵围师釜底抽薪，要卡九帅的颈脖子。我和杨国栋等人揣摩大人的意图，狠狠地参了沈葆桢一折。这是草稿，请大人过目。"彭寿颐从袖口里抽出两张纸来递给曾国藩。
这几天幕僚们都在议论江西拒饷的事，人人都很气愤。彭寿颐想，当年江西巡抚陈启迈就因饷银之事被曾国藩一纸参劾。那时他只是一个在籍侍郎，客居江西，而陈启迈是他的同乡同年，尚且不能相容，罗织罪名，抗词上疏，不达目的誓不罢休。现在他位居协办大学士、两江总督，奉皇太后、皇上之命节制四省军务，权力之大，威望之高，三藩以来没有第二个汉人可以相比。且沈葆桢是他的晚辈下属，又是他所提拔的人，他能容得了吗？彭寿颐这样揣摩着曾国藩的心思，和杨国栋、李鸿裔、汪士铎等人商量一下，便先起草了一份言辞严厉的参折。
曾国藩把奏稿浏览了一遍，见上面罗列了沈葆桢几条罪状：防守不力，丢州失县，吏治无方，奸宄当道，大权旁落，劣幕操纵，等等，特别将这次拒绝拨饷，造成金陵不能速克的危害大大渲染了一番。照这份折子来看，沈葆桢的确不够封疆大吏之任，应予立即革职查办。奏稿在曾国藩的手中捏了很久。
"大人，沈葆桢太可恨了，我们都为大人抱不平。"彭寿颐在一旁怂恿，"若是大人没有别的改动，我这就叫罗伯宜去誊抄。""慢点。"曾国藩凝神望着彭寿颐那张失去右耳的脸，若有所思地说，"我再想想。"当年奏参陈启迈是何等的干脆利落，敢作敢为，现在对沈葆桢为何这样迟疑犹豫，拿不定主意呢？彭寿颐不可理解。
"长庚，你是江西人，我来问问你，为何江西的巡抚老是跟我过意不去呢？沈幼丹在我幕中时也毕恭毕敬，一旦坐上赣抚之位，便也跟着他的前任陈启迈、文俊一样与我作对了。你知道这里的原因吗？"曾国藩两眼失神，一脸忧郁。
曾在曾氏做两江总督期间任过江西藩司的张集馨，在其自订年谱中说："当时曾帅具奏，言厘金由大营济饷，丁、漕归江西支用。未几，又奏提漕折每月五万两，济皖南军饷内提一万两制造军火账房，以四万两解营。未几，又札提每月于地丁项内拨银三万两……殊不知本省只剩地丁及杂税十余万……曾涤生不顾全局，决裂无疑。""曾帅所批，直是玩视民瘼。平昔尚以理学自负，试问读圣贤书者，有如是之横征暴敛，掊克民生剥削元气者乎?"关于这中间的原因，江西人彭寿颐自然知道一些。原来，江西官场从上到下对曾国藩都没好感。先是当年湘军在赣北擅自建厘卡收钱，截了地方的财路，后来又查禁私盐，空了不少官吏的私囊，最后借父丧之机，不待朝廷批准，便扔下在江西的烂摊子不管，匆匆忙忙回籍奔丧，官场一时哗然。加之曾国藩在江西几年屡败于石达开之手，一个九江城打了三年都打不下，离开后不久九江、湖口相继收复。所以江西官场都认为曾国藩既乏军事才能，又好利争权。
沈葆桢在江西当过多年地方官，对过去的事情很清楚，做了赣抚后又听到上上下下的议论，觉得他们讲的有道理。尤其是江西并不富裕，他为筹集本省军饷已弄得焦头烂额，曾国藩却像催命鬼似的催促江西解饷，为了弟弟的首功就全然不顾别人的死活，激怒了沈葆桢和江西全省官吏，遂一致决定和曾国藩斗一场。沈葆桢自认一身清白，无把柄给曾国藩抓，宁愿丢掉乌纱帽也不屈服。
这些情况，彭寿颐能对曾国藩讲吗？何况彭寿颐虽是江西人，却素来恨江西官场，他并不认为江西官场对曾国藩的意见有道理。
"大人，江西官场历来风气不正，近朱者赤，近墨者黑，谁到江西当巡抚，都要变坏。"彭寿颐愤愤地作了回答。曾国藩听了后不置可否，又看起奏稿来。稿子拟得不错，行文措辞，严密周到，无懈可击。这些年来，在曾国藩的指点下，幕僚们拟稿的水平大为提高。当时两江总督衙门上报的奏章，被誉为海内第一，成为各省督抚学习的范本。曾国藩几次下狠心，欲签上"照缮"二字，但最后还是决定不发。
首先，参沈葆桢这事本身便是不妥。沈是自己一手保荐的，说沈该革职查办，岂不等于说自己荐人失察？因李元度事，已向朝廷承认荐人有误的曾国藩，不愿再给自己的脸上抹黑。再说，催饷解金陵，虽是为了打长毛老巢，但一半也是为了自己的弟弟，这一点，朝野上下也洞若观火。位高权重，本已到招人嫉妒的地步了，再来个为军饷而参劾自己节制内的巡抚，更会给攻讦者提供口实。越是对方锋芒毕露，越是要柔弱退让，方能显出自己的理直气壮。将欲取之，必先予之。他决定以柔克刚，以退为进。
曾国藩松了一口气，将奏稿平放在案上，伸直了腰板。彭寿颐以为要批发了，遂赶紧把笔蘸上墨递过去。曾国藩摇了摇手。
"大人。"彭寿颐仍不甘心，"从来下属都要服从上峰，方可收指臂之效，沈葆桢以巡抚当此军情紧急之际抗命总督，参之于理不碍。""长庚呀，你不懂我的苦心。"曾国藩神情黯然地说，"沈幼丹有意掣肘，我哪能不忿恚，但细思古人办事，掣肘之处，拂逆之端，世世有之，人人不免。恶其拂逆而必欲顺从，百计设法以锄异己，这是权臣的行径；听其拂逆而动心忍性，委曲求全，且以无敌国外患为忧虑，这是圣贤的用心。我正要借沈幼丹之拂逆以磨砺自己的德性。""大人，你太仁慈了。"彭寿颐动情地说，"要不我为大人写封私信给他，明白告诉他红顶子是大人给的，要他知趣点。""长庚，你别乱来，你熟读史书，当知娄师德不市恩的故事。前朝出了一个娄师德辉耀史册，本朝就不可以再出一个吗？"过了一会，曾国藩长叹一口气说，"即使你说明也没有用，我知道沈幼丹不是狄仁杰。"彭寿颐不能再说什么了，拿起奏稿悻悻退出。曾国藩提起笔，想了想，自己动手拟了一个词气委婉的"沥陈饷缺兵弱职任太广户部所奏不实"的折子。先叙述户部所言两湖、川、赣每月协济银十五万多两之事全系捕风捉影，四川五年来无丝毫之款，湖南今年也未解过，江西解来的九江关洋税已退还，只有广东今年解了九万两。写到这里，曾国藩不禁暗自感激老友郭嵩焘。自从去年郭嵩焘署粤抚以来，粤厘几乎没有断过。湖北的协济，也只是供应原归湖北发饷的几支部队，并不是支援围攻金陵的湘军。接下来，曾国藩思考良久，写下了几句沉痛的话："臣才识愚庸，谬当重任，局势过大，头绪太多，论兵则已成强弩之末，论饷则久为无米之炊，而户部奏称收支六省巨款，疑臣广揽利权。如臣虽至愚，岂不知古来窃利权者每遘奇祸。外畏清议，内顾身家，终夜悚皇，且忧且惧。"写到此处，他不免有些心绪烦乱，停下笔来，久久地望着窗棂出神，沉思良久，才又接着写下去。又说，他现在所居之职，以前是六人分任，多次奏请皇上简派德高望重的大臣会办，均未蒙俞允，特再次恳请皇上派员南来，非敢预为诿过之地，实以绵力而兼病躯，自度不足捍御贼氛，不得不沥陈于圣主之前。
写完后他从头至尾再仔仔细细斟酌一番，作了几处小小的改动，颇为满意了。正要传令罗伯宜誊写，杨国栋进来了。
"大人，现在正有一笔大款，名正言顺是我们的，大人何不向朝廷要来？""哪里有一笔我们的大款？"杨国栋的话，曾国藩一时摸不着头脑。
"大人忘记了？前年退李泰国代购的舰队，李泰国答应赔朝廷五十万两银子。买舰队本是为了打金陵，这笔钱是给我们的。现在舰队没有了，退回来的五十万银子，岂不该归还给我们？""对，对！"曾国藩顿时高兴起来，"国栋，你这个提醒太重要了，这段时期被沈葆桢搅得昏头昏脑，居然忘记了这件事。那五十万两银子当然应该归我们！""银子是分两批交还的。第一批二十九万已上户部的账，再要出来怕难了，第二批二十一万尚在上海。大人一面向总理衙门去一份咨文说明这个情况，要他们向户部讨还那二十九万，另一方面赶紧给少荃去信，命他将在上海的二十一万速解金陵。""行，就这样办。麻烦你代拟个给恭王的咨文，少荃的信由我来写。"好比一条在干涸的沟渠里奄奄待毙的鱼，突然得到一股清泉立时活跃起来一样，曾国藩忘记了与沈葆桢斗气的懊恼，兴冲冲地握笔作书。
曾氏与沈葆桢这场争厘金的官司震动了朝廷，恭王奕诉、大学士户部尚书倭仁及总理衙门都为此专折奏陈，最后由户部出面裁定：江西厘金由江西省与曾氏各分一半。另将存于上海的由李泰国所赔的剩余二十一万两银子交由曾氏使用。曾氏在同治三年三月二十七日的日记中写道："因念枢廷苦心调停，令人感激，而劳逸轻重之间，又未尝不叹公道之不明也。"朝廷很快作了裁决，江西厘金一半留本省，一半解由江督支配，李泰国退还的五十万两银子全部作为军饷，留在上海的二十一万立即调往金陵，以救燃眉之急。一场危机终于渡过去了。