赵烈文一哄二骗三收买的办法起了作用，哗变的八千人除一百多人跟着申名标逃走外，其余的都由赵烈文、滕绕树带回了抚州老营。不久，鲍超由四川奉节日夜兼程赶回，将这些哗变的人狠狠地训骂了一顿，并以严刑拷打迫使他们供出了一百多个哥老会人。鲍超将他们一齐斩首示众。这场哗变终以惨败告终。曾国藩重赏了赵烈文和鲍超，并将霆军哗变之事晓谕湘军水陆各营，严禁哥老会，一旦发现，格杀勿论；所有参与哗变的人，不论过去功劳高低，一概严惩不贷。从那以后，哗变不再出现，但索饷、闹事却时有发生。一时没有别的法子可想，曾国藩不得不实行老九的办法，向湘军将官们宣布：裁军之事暂时不提了，以后再说。这样，才逐渐平息了湘军的怒潮。
这时，曾国藩忙于部署修缮城垣，重建满城，并亲自监督江南贡院的修复。贡院开工的那天，曾国藩邀请金陵城内城外百多位德高望重的读书人，来到位于秦淮河畔贡院街上的贡院旧址边。这些读书人中，有汪曾甫、钱密之等十人为宋学宿儒，在江南素有三圣七贤之称，曾国藩对他们很是礼遇。大家见偌大的江南贡院，除至公堂、衡鉴堂、明远楼未受大的损坏外，其他如监临、主考、房官、提调、监试各屋，誊录、对读、弥封、供给各所片瓦不见，一万六千间号房板荡然无存，这些耆儒们对此惨景莫不哀叹不已。曾国藩对他们说，不管工程量多大，都要抢在十一月前把贡院修好，不但举行本届乡试，还要补行戊午、辛酉、壬戌三科，都在今年一并录取，并增建号舍四千间，达两万整数。又考虑皖北尚在捻军控制之下，其应试秀才不能前来江宁，特为安徽省留下四成名额。
曾国藩的这些话引得老儒们万千感激，纷纷称赞此举是为江南读书人所做的第一大善事，功德无量。一个老头子颤巍巍地当众跪下，给曾国藩磕头，涕泪满面地说："中堂大人，你是活佛活菩萨，我为我祖孙三代人向你磕头祝福。我从咸丰三年起，整整盼了十三年，终于盼到了今天。十一月我要带着儿子、孙子、祖孙三代前来应试。中堂大人，从明天起，我每天三炷香，对着你的长生牌位磕头行礼，托你老人家的福，我李老头子还能活着看到这一天的到来。"老头子趴在地上，唠唠叨叨地说了许多，说得曾国藩又欢喜又酸楚。
这百余个老儒们回去后四处传扬，把江南两省的举子们喜得心花怒放，感激的信件成百上千地飞向总督衙门，使久处忧郁之中的曾国藩略感一丝欣慰。这天上午，曾国藩照例来到签押房，审批案头上堆得高高的文书。首先打开昨夜送来的几份廷寄，刚读到第一句话，曾国藩就惊呆了，照例的"准兵部火票递到议政王军机大臣字寄"套话中赫然缺了"议政王"三字。他顿时诧异万分，连下文都无心看下去，便打开第二件，也没有"议政王"三字，再打开一份仍没有。昨夜收到的三份廷寄，均无"议政王"三字，他觉得此事非同小可，赶紧招来赵烈文、杨国栋、彭寿颐，三个心腹幕僚看后也深为不解。
曾国藩忧虑地说："自同治元年来，军机处发出的文件，从来没有出现过这样的事，即使恭王生病期间，'议政王'三字亦冠在前，这次若不是有生死大变，则一定有非常大事。""事情来得突然。"赵烈文沉思着说，"不过卑职早就听人说，蔡寿祺的那份劾折，原不是冲着中堂、九帅和其他湘军统帅来的，矛头指的是恭王，说恭王是湘军的靠背山、保护伞。""这话我也听说过。"杨国栋说。
"蔡寿祺一个小小的御史，哪会有这样大的胆子，必定有人在后面指使他。"彭寿颐托着腮帮子，深思熟虑地说出这句话来。
"长庚说得极有道理。"赵烈文说，"这个人八成是西边的太后。"在曾国藩的密室里没有禁忌，上至皇太后、皇上，下至督抚两司都可以直言明说，但出门则不能妄说一句，而进得这个密室的也只有少数几个心腹幕僚。听着他们的分析，曾国藩觉得事情比自己所想的还要严重得多。假若恭王不是猝然去世，而是被罢黜的话，那最主要的一定是因为他和湘军的缘故。想到这一层，曾国藩心里恐惧起来。他端坐在太师椅上，右手不断地捋着长须，面色凝重，一言不发。
"中堂。"赵烈文轻轻叫了一声，"我们在这里议论，好比瞎子摸象。这样一件大事，震动中外，这两天必有京报来，我们看到京报后再说。"正说话间，荆七捧来一大堆从京师来的函件，彭寿颐急忙从中挑选京报。找到了！京报在首要位置上登载明谕："谕在廷王大臣等同看：朕奉两宫皇太后懿旨，本日据蔡寿祺奏恭亲王办事循情贪墨，骄盈揽权，多招物议，妄自尊大，诸多狂傲，倚仗爵高权重，目无君上，视朕冲龄，诸多挟制，往往暗使离间，不可细问，若不及早宣示，朕亲政之时，何以能用人行政。恭亲王着毋庸在军机处议政，革去一切差事，不准干预公事。特谕！"曾国藩看完这道特谕，半晌做不得声，他轻轻挥手，示意赵烈文等人退出。自己独自坐着，忡忡然仿佛呆了似的。不知过了多久，荆七在他的耳边说："大人，天已黑了，要掌灯吗？""什么？天黑了，我坐了多久了？"曾国藩如同睡梦中醒过来一般。
"有一个时辰了。"荆七轻轻地说。
"好吧，掌了灯后，你告诉厨房，今晚不要送饭，叫他们煮一碗新鲜青菜汤，再打两个鸡蛋就行了。"待荆七出门后，曾国藩的脑子才开始转动过来。
宫闱事秘，详情莫知，但有一点已很清楚了，恭王的确是因蔡寿祺的弹劾而被罢黜的，且上谕写得明白，是奉两宫太后懿旨。所谓两宫太后，实际上是西太后的代名词，这点曾国藩早已知道。事情完全如赵烈文等人所分析的，西太后指使蔡寿祺上奏，又亲自下令革去恭王的一切差事，措词如此严厉："目无君上""诸多挟制""暗使离间"，竟类似三年前指责肃顺的口气。
天气尚只是初秋，曾国藩已觉冷得发抖。他叫荆七找出一件棉褂来，穿在身上，还冷不过，于是又要荆七干脆生一盆炭火。曾国藩深知，在他离开京师，创办湘军到现在十余年间，恭王一直是他在朝廷中最强大的支柱。文宗在日，恭王以皇弟之亲贵，力劝文宗信任他，重用他，尽管遇到多方掣肘，满蒙猜忌，甚至文宗本人亦不甚放心，只因有恭王这座大靠山在，曾国藩始终还是受到器重的，当然，那时还有肃顺的大力支撑。文宗归天后，肃顺被处决，但恭王拥戴功勋巨大，位居议政王，朝廷一切大事，皆出于恭王一手。恭王将曾国藩引为腹心，给予完全信任，直至节制四省兵力，成为三藩之乱后军权最大的第一个汉人。后来，曾国藩渐渐看出西太后叶赫那拉氏是一个权欲极强，心机极多，手段极狠的女人，她不甘于大权旁落，与恭王常有龃龉，太后与恭王之间的不合，使朝中有识之士为之担忧，处于军事最前线的曾国藩则更是忐忑不安。
现在，曾国藩终于明白了，攻克金陵后所遭遇的一切不愉快之事，如富明阿的暗访，三御史的参劾以及沸腾人口的物议，很可能都是西太后这条线上生的事。是不是西太后害怕恭王利用湘军这支军队，作为日后重演辛酉政变的工具？抑或是西太后讨厌恭王过于重用汉人，使湘军坐大，成为满人江山的最大隐患？不管怎样，恭王的被罢黜，在曾国藩看来，是这十余年间所受到的打击中最为致命的一次。
皇上的亲叔，在辛酉年起了旋转乾坤的作用，近年来外抚诸夷，内平战乱的议政王，无论从亲，从贵，从功，从哪方面来讲，都是当今天下第一臣。就是他，都被这个西太后弄了下去，此人之手腕心肠可想而知！曾国藩想起前朝的吕雉、武则天，莫非大清王朝也要女主临朝了？牝鸡司晨，国之不祥，恭王已被先行开刀，接下来大概是自己和自己的兄弟了。曾国藩由恐惧慢慢转到绝望，木然坐在椅子上，仿佛身子正在被人推向黑暗的深渊。
第二天一早，他把曾国荃、曾纪泽叫进内室，关起门窗，向他们谈了自己对时局的分析。叫儿子立即离开江宁回荷叶塘，取消原定全家迁居江宁的打算，并转告四叔要事事谨慎，勿再招惹是非。也要弟弟对奏请开缺一事作好心理准备。倘若太后温词慰留，当此时势，勿再固请，以保存实力；倘若太后同意开缺，要坦然接受，接旨后立即启程，在家养病读书，不涉及湖南官场丝毫。一向我行我素、不畏人言天命的曾国荃，对这场突如其来的变故也大为震惊，不免冒出一股灰溜溜的心绪来。