杭爱、孙思克身死，武昌巡抚王新命投降，至此湖广重镇武昌光复。
收到武昌光复的消息后，马仲英即令巴思克将投降的湖广巡抚王新民、四川布政使刘显第，四川总兵余化龙等人押解九江行在，并询问其为何抗拒天兵。
王新民呐呐不能言，刘显第和余化龙却只推脱川省兵权都在杭爱和孙思克二人手上，他们是想投而不得。
“孤早就说过，不开城，便屠城，尔等以为是虚妄之言吗？姑念武昌绿营和武昌水营率先反正，尽可饶恕，其余犯官本人及其在武昌的家小尽诛之，至于四川兵，既然他们抗拒王师，那就全部坑杀，以儆效尤。”
马仲英也不多言，当即传谕巴思克，命其捕拿众降将家小，送至九江行在明正典型，而四川降兵由于人数众多，则就地处决。
闻言，一众清军降官都吓得面如土色，四川布政使刘显第更是一屁股瘫倒在地，当场晕死过去，四川总兵余化龙却是趴在地上连连磕头，指天画地地表示，王师抵达武昌城下时，他就曾进言，想开城投降，是董永藩、林毓秀和杭爱等人坚持据守，甚至还拔刀恐吓，他受制于人，不得不从耳。
马仲英奇道：“董永藩？奏报上说他是最先投降的吗？怎地又是他坚持不投，张绍迁，你立即去武昌把人押过来，再查查他是不是董其昌的儿子。”
董其昌是伪清顺治年间的桂林分守道，他虽然由明投清，但在清廷任职期间，曾多次暗中资助广西的明军残部，后亦因为此事，被清廷申饬。
马仲英也想不明白董其昌这个文官怎么会有一个武将儿子，而且官职比董其昌要高很多，这显然不合情理，不过江南初定，他手上的事情千头万绪，一时也没想透这个关窍，被余化龙这么一说，登时就醒悟过来。
“……殿下，他不是董其昌的儿子，他是董学礼的儿子，他坚持不投，就是因为他老爹曾率军攻破夔东，怕天兵入城后，会追究他老爹的罪孽，董永藩对罪臣举刀相向的时候，城头上很多人都看到，殿下一查便知……！”
余化龙是真的恨，他没想到信誓旦旦要替大清效忠的董永藩竟是第一个反水投明的，关键是你他娘的要投明，还不早点说，害老子们被明军抓了俘虏。
你不仁，我不义，既然你不讲信义，就别怪本将把你的丑事也抖露出来，看看大明容不容得下跟他们有血海深仇的董家人，还好意思说什么是董其昌的后人，你咋不说你家是延平郑王妃董氏的族人，老子就是死，也要把你这个连爹都不敢认的小人拖下水。
“楚王殿下，楚王殿下，余将军所言不差，这董永藩就是董学礼的后人，就是他和杭爱、孙思克勾结在一起，逼迫我等，您知道，城内都是四川兵，罪臣是想投降而不得，咱大明水师一至，我武昌绿营随即反正，这就是明证，罪臣对大明可是一片忠心，一片忠心啊！”
余化龙的话，令王新命仿佛找到了救命稻草，趴在地上，扯着嗓子拼命地告饶，为了保住性命，巡抚大人当场就把董永藩那点破事给抖了出来。
“既然有人作证，那就不要调查了，张绍迁你持孤手谕，直接至武昌拿人，斩首弃市，其家中老幼一并处决。”
楚军体系内清廷降官并不在少数，但却没有像董学礼这样的首恶巨魁，即便是董永藩被迫投降，马仲英还是不打算放过他，只姑念其率先投降，未将其凌迟，只斩首了事。
“喏……！”
张绍迁轰然领命，转头踏步下了台阶，杀气腾腾出了府门。
王新命和余化龙却是眼巴巴地望着马仲英，心中思量着有董永藩这个垫背的，眼前这个杀人不眨眼的大明楚王能宽恕他们，可马仲英却好像把他们遗忘了一样，对他们哀求的神色熟视无睹。
郭泰捷建言道：“殿下，四川并有一万余人，若全部斩杀，只怕有伤天和……于军不利！”
马仲英犹豫了一下，才对郭泰捷说道：“孤并非杀性过重，只是假他们的首级告戒北方的绿营，抗拒大明天兵的下场，既然郭先生替他们求情，孤便不全诛了他们，这样吧，凡四川兵三丁抽一杀之，其余的押解至云南和江西开矿，至于王新命和余化龙二人，孤亦不知他们说的是真是假，但武昌负隅顽抗乃是不争的事实，因二人有检举揭发的功劳，就不用重刑了，明日就在九江城外明正典刑！”
闻言，王新命和余化龙刚刚跪直的身体顿时又软了下来，余化龙还好点，到底是武将，虽然瘫坐在地上，不住地打颤，但也没有过分失态，王新命却是当场就吓晕了过去，裤裆下黄白之物淌了一地，大小便失了禁。
处置完武昌清廷文武，马仲英即把政务的重心放到了长江一线的防务上来。
经过再三考虑，马仲英以湖广剿虏总督巴思克和陈布隆以及长江水师旅副将陈一官领水陆大军两万五千以及红旗兵一万，满洲绿营兵五千镇守武昌，并向襄阳、郧阳一带攻击前进，先恢复鄂省。
江西剿虏总督李兴、长江水师旅旅帅潘学忠领第一、第十一和十三旅、水师主力，和红旗兵一万以及满洲绿旗兵五千，共计四万五千水陆大军移驻九江，主攻方向正是当面的明朝中都凤阳
在此次战役中颇有功勋的李汉明改任淮扬剿虏总督，领第九、第十、十二、十四旅、红旗兵两万进驻安庆，马仲英给他的军令是相机攻取扬州、淮安、宿迁、徐州和泗阳等地，把楚军的战线推到淮河一线。
当然，因为连续的战事疏忽的云贵两省，马仲英也没忘记，他又令张朝阳为云贵剿虏总督，领新编的五个旅，抢占云贵二省，四川绿营退到武昌，明眼人都能看出王辅臣已经控制全川了，川蜀自清军入关后，屡次大战，民生比广西和湖广还要凋敝，平凉军没有足够的粮食补充，肯定不会安心窝在贫瘠的川陕，马仲英也是未雨绸缪。
说曹操，曹操就到，也就楚军处置清廷官员和四川绿营时，一艘平底沙船顺江经江陵方向，抵达了武昌城，来人正是前往平凉勾搭王辅臣的陈德，他还带来了王辅臣的使者腾天绶。