同治七年十一月，上海巡抚李鸿章升任浙闽总督，上海巡抚空缺，恭亲王提请沈桂芬入直军机，太后不许，“军机处类比前朝内阁，虽无宰相一职，却有宰相之实，号令百官，调理阴阳，沈桂芬虽然有大才，可毕竟才一任巡抚，若是骤然升迁，恐生物议，不如先至上海，担任巡抚，洋务差事磨练久了，自然可简拔入京，再担任要职。”恭亲王愿意属沈桂芬任工部尚书，进而入直军机，听太后一说，到是也觉得可以，于是同治七年十二月，上旨，沈桂芬任为上海巡抚，没几日就南下赴任去了。
李鸿章感激涕零，今年不过是四十五岁的年纪，就已经担任了总督一职，总督的级别还在尚书之上，乃是从一品的大臣，若是将来入京，也只能是入直军机才能匹配的上，离京朝见的时候，太后密旨让李鸿章准备筹办南洋水师事宜，李鸿章应诺。
同治八年三月，直隶总督官文入京任武英殿大学士，兼任满工部尚书，工部汉尚书太后原本属意胡林翼，胡林翼坚辞不就，恭亲王也一力反对，所以暂时空缺，之后，由左都御史谭亭襄接任，同样也加了大学士的衔,左都御史由右都御史董元醇继任。
四月，安徽巡抚江忠源调入京中担任兵部尚书。
五月，命文华殿大学士胡林翼入直军机，“参赞政务”。张之洞出任汉阳知府，筹办汉阳铁厂。
九月，曾国荃署理四川总督，李鸿章之兄李翰章出任贵州巡抚。刘坤一任两广总督。金州将军金宝觐见，太后嘉许，升任甘肃巡抚，参赞西北军务。
太后恭亲王多用汉人，且泰半湘人，八旗上下怨言颇多，太后听闻笑道：“这还不简单？”命军机处下旨，于河南山东两省新设“中原总督”，由御前大臣，统领侍卫大臣、满洲镶黄旗都统左丹梅出任，又增设理教院，统领天下宗教，管僧尼道会等人。增设教育部，统管教育、学校、学生之事；恰逢京师讲武堂建成，又命旗人少年，“不进科举，或是不入讲武堂者，不得授六品以上之官位。”官文随即也入直军机，只是官文颇为骄傲，素来是目下无人，和恭亲王也不算和睦，入了军机也是添乱居多。如此以来，新设立了从一品大员一位，正二品大员两位，从三品以下无数，安置了不少人。同治八年之后，吏改官制度推广至两江、浙闽、两广、天津七剩
西疆之事，白莲教等教入新疆传教，改变新疆伊斯兰教一家独大的局面，诸教争鸣，再加上科举教育取人之功，将诸部和朝廷的联系加紧了，阿古柏声势日益颓废，终于同治八年十月，攻破喀什，宣告阿古柏之乱平定，阿古柏只身逃往布鲁特部，被浩罕国主擒住，亲自献到喀什的左宗棠大营，左宗棠大声呵斥浩罕国主，命其押送阿古柏入京朝见，并上书朝廷，要求与俄罗斯议定西北边境，吏部趁机在新疆设立布政使司二，府十二，县九十六，不以收税为责，、只以教化之功为主。兵部设提督二、总兵四、将军九。只是英俄两国不甘失败，又在暗地里策划什么。
外蒙古设库伦、乌里雅苏台、乌梁海三宣慰使以及属官，由中央派遣流官，并设置司法官，多用满蒙汉八旗之官，不干涉蒙古诸部内政，借着平定阿古柏之威，诸部不敢妄为，理藩院制定《内外藩条例》，就内藩、外藩的权利义务进行了规定，内藩限制约束甚多，不如不得自建一国，只可称汗，不得称国主等，可优惠条款也多，官道、交易等都是诸部需要的，于是，新疆青海蒙古诸部渐次安定，自此西北无碍，左宗棠得此边防军功，堪比平定洪杨之乱，礼部商定，封一等公，封号“肃勇”，递等袭爵三代，这爵位已经在曾国藩之上了，堪称汉人大臣第一。只是新疆虽平，可到底还是不甚大治，仍命其担任新疆总督一职在，只命十二镇大军凯歌还朝。
西苑紫光阁。
如今已经是十一月的时候，初冬下了一场小雪，空气之中干燥又多了不少寒冷，西苑本来就多梅花，早梅几株已经隐隐浮动暗香，一大早，御膳房和尚膳监还有鸿胪寺的人就都忙乎开了，宫人侍卫苏拉都一应忙乎开，鸿胪寺的一个四品官员事无巨细亲自在紫光阁里头看了又看，把几个宝座看了又看，又会同御膳房总管太监，盯着餐具的摆放，又拿了片子出来仔细看看，对着总管太监说道：“今个赐宴，浩罕国主也在，这倒是不能马虎，失了****的气派威严，为的是浩罕国主信奉****，一应猪肉的菜都不能上了。”
总管太监称是，随即说道：“已经吩咐御膳房了，今日用的都是新锅子，但是听说他们是不喝酒的，这赐宴，若是没酒，怕是？”
“不上猪肉菜已经是仁至义尽了，”那个官员不在乎的摆摆手，“已经是很是照顾他，他若是不喝酒，不喝就是，放着就行。今个可是皇上亲自来的，军机大臣都要到，理藩院、理教院尚书也要来，差不多是半个朝会了，咱们自己有功之臣要多多照应好就是，这浩罕国主，嘿嘿，指不定还会怎么样呢。”
“难不成要废浩罕吗？”那个太监奇道。
“那倒不会，亲自献了阿古柏进京，多少不能动手，这礼数在着呢，只是免不了要敲打一番了。”说到这里，鸿胪寺卿惠征到了，几个管事太监和内务府官员上前迎接，惠征虽然官位不显，但是母后皇太后的父亲，当今圣上的外祖父，乃是正牌子的国丈，他素来性子也温和，所以众人都愿意尊敬他，惠征到了阁内，看了看布置，又问了几下，点点头，“时候差不多了，咱们出去等着吧。”
几个人出了紫光阁，在外头排成了两排，过了半个时辰，新疆平叛诸将，如武云迪、杨树声、荣禄等功臣已经到了，他们先进紫光阁，按照班次坐下，其余人又排班等候，再过一盏茶的时候，丝竹之声响起，浩罕国主驾到，又过了一会，才是皇帝的御驾，皇帝坐着轿辇，穿着石青色的朝服，笑盈盈的看着众人，新疆平定，又是临近新年，双喜临门，皇帝自然是意气风发，皇帝到了阁前下轿，见到惠征又说了几句话，桂祥也穿着朝服伺候在御前，一干人进了紫光阁，众人山呼万岁，皇帝到了宝座前叫众人平身，“今个得到了好消息，左宗棠已经和俄罗斯人议定好了西北边界，如此以来，新疆可得安宁，国主，”同治皇帝看着浩罕国主，“你既然为****藩属，自然要守卫边疆，尽藩属之责，上敬****，下安百姓。”
浩罕国主又连忙站起来，右手抚胸行礼称是，说了一篓子的恭维话，皇帝也只是笑吟吟的听了，摆摆手，请浩罕国主坐下，“开宴吧。”
酒过三巡，菜已经上的差不多了，皇帝也有些倦了，看着殿内之人有些拘谨，就站了起来，让大家继续，自己先返宫，众人站起来准备恭送皇帝，皇帝走出宝座，走到武云迪的跟前，笑道：“姨丈身子可好？听说在土尔扈特部生了大玻”
“多谢皇上挂念，奴才的身子已经全好了。”武云迪回答道。
“那就好，”皇帝笑眯眯的说道，桂祥跟在后头，对着武云迪说道，“姐夫已经一个人太久了，如今得胜回来，”桂祥看了看皇帝的脸色，“该是再娶妻成家了。”